Virginia Bioinformatics Institutes launches microbial database > 자료실

버지니아 공대의 버지니아 생물정보 연구소(Virginia Bioinformatics Institute, VBI) 연구자들이 미생물 데이터베이스를 내놓았는데, 여기에는 일련의 미생물 게놈 서열들이 포함되어 있다. 

이 VBI 미생물 데이터베이스(VMD)는 'Nucleic Acids Research'에 실린 논문에 기술되어 있다. 이 VMD에는 식물 병원균 Phytophthora sojae와 Phytophthora ramorum에 대한 게놈서열과 주석 데이터들(annotation data)이 들어있다. 이 데이터베이스의 목적은 강력한 분석 수단들은 물론 최근에 완성된 이들 병원균의 게놈서열을 하나의 통합된 자료(resource) 속에서 연구자들이 광범위하게 이용할 수 있게 하는 것이다. 

VMD는 통합된 자료로서 군집주석 특성(community annotation features), 툴킷(toolkits), 그리고 관련 자료들을 포함하고 있어서 생물학적 정보에 대한 복합 요구문들(complex queries)을 처리할 수 있다. 게놈서열 데이터를 보고 그리고 각 서열에 대한 상세한 주석으로 연결되도록 브라우저를 만들어서 이용자들이 편리하게 쓸 수 있다. 등록된 회원은 군집 주석 인터페이스(community annotation interface)를 통해 주석을 첨가하고 편집할 수 있다.

이 데이터베이스는 2006년까지 확장되어 곰팡이 병원체인 Alternaria brassicicola와 the oomycete pathogen Hyaloperonospora parasitica의 게놈서열도 포함할 것인데, 이 두 병원균은 모델 식물인 애기장대를 감염시킬 수 있는 것이다. 또한 프로테오믹과 마이크로에레이 데이터들(proteomic and microarray data)도 추가되어 기능 유전체 데이터와 그 게놈서열이 연결될 수 있게 될 것이다

published in Nucleic Acids Research (Vol.34, D379-D381)